ECサイトを運営しているなかで、決済手数料が利益を圧迫していると感じる方は多いのではないでしょうか。
順調に売上が伸びていても、見過ごせないのが決済にかかるコストです。手元に残る利益を少しでも増やすためには、各決済方法の手数料相場を正しく把握し、自社のビジネスモデルに最適な決済代行サービスを選ぶことが重要になります。
本記事では、ECサイトで利用される主な決済方法の手数料を比較し、コストを抑えるためのコツや選び方のポイントを詳しく解説します。
ECサイト全体の手数料（初期費用・月額費用含む）を比較したい方は、「【2026年最新】ECサイト手数料比較｜初期費用・月額・決済コスト一覧」 の記事もあわせてご覧ください。
ECサイトの決済手数料とは
決済手数料の仕組みと内訳
ECサイトの決済手数料は、売上にかかる「加盟店手数料」だけでなく、複数の費用で構成されています。これは、決済を安全かつ確実に処理し、システム維持やデータ通信を行うための各種コストが含まれるためです 。
具体的な内訳としては、決済額に応じて発生する「加盟店手数料」のほか、1件のデータ処理ごとにかかる「トランザクション手数料」、売上金が入金される際の「振込手数料」、そしてシステム利用のための「月額固定費」や「初期費用」などが挙げられます。
またECサイトでは、クレジットカード情報の漏洩を防ぐためのセキュリティ対策として、「カード情報の非保持化」、もしくはカード情報を保持・処理する場合の国際的セキュリティ基準である「PCI DSS準拠」のいずれかを満たす必要があります。
これを自社で構築するのは非常にハードルが高いため、セキュリティ基準を満たした決済代行サービスを経由する仕組みを利用するのが一般的であり、これらを維持するための費用も手数料に含まれています。
したがって、決済手数料の仕組みを理解する際は、表面的な料率だけでなく、これらの内訳を含めたトータルコストで把握することが大切です。
ECサイトと実店舗で異なる手数料体系
ECサイト（オンライン）の決済手数料は、実店舗（対面）と料率や費用体系が異なります。対面決済と非対面決済では、不正利用のリスクや必要となるシステム環境が大きく違うためです。
例えば実店舗では専用の決済端末が必要ですが、クレジットカード決済の料率は3.0%未満に抑えられるケースがあります。一方、ECサイトは専用端末が不要な代わりに、非対面取引は不正利用のリスクが高いと見なされることから、料率の相場も「3.0〜3.6%程度」と高めに設定されるのが一般的です。
さらに、決済代行サービスのAPIを連携・導入するための工数や月額費用などが別途発生することも、オンライン特有の費用体系と言えます。
このように、ECサイトの決済費用はオンライン特有のリスクやシステム構築の背景があるため、実店舗よりも割高になる傾向がある点を押さえておきましょう。
ECサイトで利用される主な決済方法と手数料の相場
ECサイトでは、購入者の利便性を高めカゴ落ちを防ぐために、複数の決済方法を組み合わせて導入することが一般的です。ここでは、ECサイトでよく利用される主要な決済方法とその手数料相場について解説します。
[この記事を読む]
クレジットカード決済の手数料相場
クレジットカード決済の手数料相場は3.0〜3.6%程度であり、ECサイトで最も重要な決済手段です。その理由は、ECサイトにおける決済の約7割を占めるほど、多くの購入者に利用されているからです。（※）
例えば、VISAやMastercardは料率が低めに設定される傾向にありますが、JCBやAMEX、Dinersなどはやや高めになるなど、国際ブランドによって手数料率に差があります。全体の売上に占める割合が大きいため、わずかな料率の差が利益に直結します。導入時はブランド別の手数料を細かく確認することが重要です。
出典：ECの決済手段、最多は「クレジットカード」68%、次点で「コード決済アプリ」が27%【決済サービス利用調査】 | ネットショップ担当者フォーラム
コンビニ決済・後払い決済の手数料相場
コンビニ決済や後払い決済の手数料相場は、1件あたり130〜300円程度の固定額、または決済額の3〜5%程度の料率制です。これらの決済は、クレジットカードを持たない層のニーズを満たし、商品未着の不安を解消できます。
例えば、NP後払い・Paidyなどの後払い決済は、代金引換（代引き）と異なり受け取り時に現金を用意する手間がありません。
ただし、未回収リスクを代行会社が負担するため、手数料は3〜5%程度とやや高めです。若年層や新規顧客の獲得に効果的なため、費用対効果を見極めて導入しましょう。
QRコード決済（PayPay・楽天ペイ等）の手数料相場
QRコード決済の手数料相場は、2.5〜3.5%程度です。実店舗での普及に伴い、若年層やスマホユーザーに対して非常に高い訴求力を持っています。
例えば、PayPayや楽天ペイをはじめとする対応ブランドはECサイトでも利用が広がっており、大規模なポイント還元キャンペーンによる集客効果が期待できます。
集客力の強化と決済コスト削減の両面でメリットが期待できるため、積極的に導入したい決済手段です。
電子マネー・キャリア決済の手数料相場
電子マネー決済やキャリア決済の手数料相場は、4〜10%程度と高めの傾向にあります。これらは手元にクレジットカードがなくてもスマートフォンのみで手軽に支払い手続きが完了し、購入者の利便性が非常に高いです。
例えば、楽天EdyやSuicaなどの電子マネーのほか、auかんたん決済、d払い、ソフトバンクまとめて支払いといったキャリア決済が該当します。特にキャリア決済はカゴ落ちを防ぐ効果が高い反面、手数料率が高額に設定されています。
利便性の向上と利益確保のバランスを考慮し、慎重に導入を判断する必要があります。
銀行振込・口座振替の手数料相場
銀行振込の手数料は購入者負担が基本ですが、口座振替は事業者側に手数料が発生します。支払い手続きを行う主体によって、手数料の負担者が異なります。
具体的には、銀行振込の振込手数料は購入者が自ら支払いますが、定期購入などで利用される口座振替（自動引落）の場合は、事業者側に1件あたり50〜200円程度の手数料がかかります。
継続課金ビジネスを行う場合は、口座振替のコストも事前に計算しておきましょう。
主要な決済代行サービスの手数料を比較
ECサイトに決済方法を導入する場合、各決済機関と個別に契約するのではなく、複数の決済手段をまとめて導入・管理できる「決済代行サービス」を利用するのが一般的です。
ここからは、ECサイト運営者におすすめの代表的な決済代行サービスについて、それぞれの特徴や手数料の目安を比較しながら解説します。自社のビジネスモデルや規模に合ったサービスを見つけるための参考にしてください。
| サービス名 | 初期費用 | 月額固定費 | クレジットカード決済手数料 |
|---|---|---|---|
| イージーペイメント | 0円 | 0円 | 3.57%〜 |
| SBペイメントサービス | 要見積もり | 要見積もり | 要見積もり |
| GMOペイメントゲートウェイ | 要見積もり | 要見積もり | 要見積もり |
| Stripe | 0円 | 0円 | 3.60% |
| PayPal | 0円 | 0円 | 3.6% + 40円 |
イージーペイメント（イージーマイショップ）
イージーマイショップをご利用の事業者様にとって、最も利便性が高くおすすめなのが「イージーペイメント」です。
イージーペイメントはイージーマイショップの管理画面から簡単な申込み手続きを行うだけで利用できる専用決済サービスで、ショップ運営の効率化とコストの削減を後押しします。
例えば、クレジットカード決済をはじめ、コンビニ決済、PayPay、銀行振込（バーチャル口座）といった多彩な決済手段を、複数の代行会社と個別に契約することなくワンストップで申し込むことができます。また、ECカートのシステムと一体で運用できるため、注文が入った際の受注管理から売上処理、返金対応に至るまで、シームレスかつ一元的に管理できるのが大きなメリットです。
だからこそ、手間なく多様な決済手段を導入し、日々のショップ運営をスムーズに行いたい事業者にとって、イージーペイメントは最適な選択肢となります。イージーペイメントの対応決済や手数料、入金サイクルなどを詳しく確認したい方は、以下の詳細ページをご覧ください。
▶イージーペイメントの詳細はこちら
また、イージーペイメントはイージーマイショップの管理画面から申込み・設定できるため、実際の操作感を確認してから導入を検討できます。決済設定や受注管理の流れを試してみたい方は、無料アカウントを発行して管理画面をご確認ください。
今すぐECサイトを作成するSBペイメントサービス
確かな信頼性と豊富な実績を重視する事業者におすすめなのが「SBペイメントサービス」です。ソフトバンクグループが提供する大手決済代行サービスとして、万全のセキュリティ環境と手厚いサポート体制を備えています。
クレジットカード決済に加えて幅広い決済手段に対応していますが、初期費用や月額費用が発生し、決済手数料率は事業規模や商材に応じた個別見積もりとなるのが一般的です。具体的な料金目安や料率の詳細は条件によって変動するため、公式サイトにて直接お見積りを確認していただく必要があります。
そのため、実績ある大手のサポートを受けながら、自社の規模や要望に合わせた安全な決済環境を構築したい事業者に適しています。
公式サイト：https://www.sbpayment.jp/
GMOペイメントゲートウェイ
中〜大規模なECサイトを運営する事業者には「GMOペイメントゲートウェイ」が適しています。業界最大手としての圧倒的なシステム安定性を誇り、幅広い決済手段と拡張性の高い機能を一括で導入できます。
あらゆる決済ニーズに高度に対応できる一方で、初期費用や月額固定費が高めに設定される傾向があります。決済手数料率を含めた具体的な費用は、商材や売上規模に応じた個別見積もりとなるため、公式サイトでの最新情報の確認が必須です。
したがって、コストの安さよりもシステムの堅牢性や決済手段の豊富さを優先し、本格的な事業拡大を見据えている中〜大規模ECサイトにおすすめのサービスです。
公式サイト：https://www.gmo-pg.com/
Stripe（ストライプ）
導入のスピード感やサブスクリプション（定期購入）決済を重視するなら「Stripe（ストライプ）」がおすすめです。料金体系がシンプルで分かりやすく、高度な決済機能を手軽に導入できる開発者向けの仕組みが充実しているという特徴があります。
例えば、初期費用や月額費用は無料で、ランニングコストを抑えられます。国内発行のクレジットカード決済の手数料率は3.6%と設定が明確です。また、グローバルなプラットフォームであるため、海外展開や複雑な継続課金モデルにも強みを持っています。
このように、初期費用をかけずに素早く決済環境を構築したい方や、サブスクリプションビジネス、越境ECを見据えている事業者にとって非常に有力な選択肢です。
公式サイト：https://stripe.com/jp
PayPal（ペイパル）
越境ECや海外顧客の取り込みに注力したい事業者には「PayPal（ペイパル）」の導入が欠かせません。世界中で数億人のアクティブユーザーを抱え、海外の購入者から圧倒的な知名度と信頼を得ている決済プラットフォームです。
購入者はカード情報をECサイト側に直接渡さずに決済できるため、初めて利用する海外サイトでも安心して買い物ができます。国内向けの手数料率は「3.6%＋40円」が目安となっており、初期費用や月額費用は無料で利用を開始できます。
越境ECにおけるカゴ落ちを防ぎ、世界中のユーザーに安心感を提供して売上を伸ばしたいのであれば、PayPalは有力な選択肢のひとつと言えるでしょう。
公式サイト：https://www.paypal.com/jp/home
ECサイトの決済手数料以外にかかる費用
決済代行サービスの導入・運用には、決済ごとの手数料以外にも複数のコストが発生します。見落としがちな初期費用や月額固定費、資金繰りに関わる費用などを事前に把握しておくことが大切です。
ここでは決済手数料以外にかかる主な費用について解説します。
初期費用・導入費用
決済システムをECサイトに導入する際は、初期費用や導入費用がいくらかかるかを確認することが重要です。選ぶサービスによって金額の幅が大きく、立ち上げ時の初期コストに直接影響を与えます。
一般的な初期費用の相場は、無料（0円）から数万円程度と幅広いです。ただし、利用しているECカート自体が決済代行会社と事前にシステム連携しており、独自の決済機能を提供している場合は、専用の接続開発が不要となるため初期費用がかからないケースも多く見られます。
利用中のECカートの仕様や連携サービスを確認し、余計な初期費用を抑えられるか検討しましょう。
月額固定費
決済代行サービスを利用する際、毎月定額で発生する「月額固定費」の有無を確認する必要があります。決済システムの維持・管理や、最新のセキュリティ対策をアップデートするための費用として発生します。
相場としては月額0円〜数千円程度が一般的です。固定費が無料のサービスも多いですが、その代わりに「トランザクション（処理）件数」に連動して月額費用が変動する従量課金制のプランが採用されているケースもあります。
売上がまだ少ない時期の負担を減らすためにも、自社の販売規模や見込み件数に合った料金体系のサービスを選びましょう。
振込手数料・入金サイクル
売上金を受け取る際の「振込手数料」と「入金サイクル」は、EC事業者にとって非常に重要な比較項目です。これらの条件は、単なるコストの増減だけでなく、ショップのキャッシュフロー（資金繰り）に直接的な影響を与えます。
決済代行会社からの入金サイクルは「月末締め翌月末払い（月1回）」や「月2回〜複数回」などサービスによって異なります。入金サイクルが遅いと、商品の仕入れ代金や広告費の支払いが先行してしまい、手元の資金が不足するリスクが高まります。また、入金のたびに数百円の振込手数料が引かれるため、回数が多いほどコストも嵩みます。
安定したショップ運営を続けるために、自社の資金繰りに無理のない入金サイクルと振込手数料のバランスをしっかりと見極めることが大切です。
ECサイトで決済代行サービスを選ぶ5つのポイント
自社に最適な決済代行サービスを選ぶためには、単に手数料の安さだけでなく、さまざまな観点から比較検討することが大切です。ここでは、決済代行サービスを選ぶ際に押さえておきたい5つのポイントを解説します。
提供する決済手段の網羅性
決済代行サービスを選ぶ際は、自社のターゲット顧客層（年代・性別・購買単価）に合わせた決済手段が網羅されているかを重視しましょう。なぜなら、支払方法が豊富に用意されているかどうかが、顧客の購入判断を左右する大きな分かれ目になるからです。
実際に、ECサイトで希望する支払方法がない場合、約3割のユーザーが購入を諦めて離脱（カゴ落ち）してしまうという調査データもあります。
参照：「創作品モールあるる」通販利用者約3人に1人が購入を断念「使いたかった支払い方法がない」支払い方法は“便利さ”ではなく購入判断の分かれ目に
例えば、若年層がターゲットであればスマホ決済や後払い決済、高単価商材を扱うのであればクレジットカードの分割払いなど、顧客属性に応じた決済方法を過不足なく提供することが不可欠です。
売上の取りこぼしを防ぐためにも、ターゲット層のニーズを網羅できる決済手段を備えたサービスを選びましょう。
手数料率と総コストのバランス
決済代行サービスを比較する際は、決済手数料率の低さだけでなく「総コスト」で判断することが重要です。見かけの手数料率が安くても、その他の固定費や手数料が積み重なることで、結果的に全体のランニングコストが高くなってしまうケースがあります。
決済ごとの「手数料率」に加えて、導入時の「初期費用」、毎月のシステム利用料である「月額費用」、売上金を受け取る際の「振込手数料」などをすべて合算して比較する必要があります。
目先の手数料率だけに捉われず、自社の月間注文件数や平均客単価をもとにシミュレーションを行い、総コストのバランスが最も優れたサービスを選定しましょう。
[この記事を読む]
ECカートとの連携・導入の容易さ
利用しているECカートとスムーズに連携でき、導入が容易かどうかも重要な選定ポイントです。システム連携が複雑なサービスを選んでしまうと、API実装などに高度な開発知識が必要となり、余計な工数やコストがかかってしまいます。
例えば、パッケージやフルスクラッチで構築したサイトでは、APIの連携仕様やテスト環境の有無が重要になります。一方、イージーマイショップのようなASPカートを利用している場合は、管理画面から申込手続きを行うことで利用可能になる決済サービスを選ぶと、専門知識がなくても素早く安全に導入できます。
導入時の開発負担を最小限に抑え、スムーズに運用を開始できる連携性の高いサービスを選びましょう。
入金サイクルとキャッシュフロー
売上が確定してから自社の口座に振り込まれるまでの「入金サイクル」は、必ず確認すべきポイントです。入金サイクルは、ECサイト運営における日々の運転資金繰り（キャッシュフロー）に直接的な影響を与えるからです。
例えば、入金サイクルが「月1回」の場合、商品の仕入れ代金や広告費の支払いが先行してしまい、手元の資金がショートするリスクが高まります。資金繰りに不安がある場合や事業の成長スピードを早めたい場合は、「月複数回」の入金サイクルに対応しているサービスを選ぶと安心です。
安定したショップ運営を継続するためにも、自社のキャッシュフローに適した入金サイクルのサービスを選定しましょう。
セキュリティとサポート体制
顧客のクレジットカード情報などを安全に守るためのセキュリティ対策と、万が一の際のサポート体制も欠かせません。情報漏洩や不正利用などのトラブルは、ECサイトの信用を失墜させ、事業の存続に関わるダメージとなります。
具体的には、クレジットカード業界の国際的なセキュリティ基準である「PCI DSS」への準拠や、最新の本人認証機能「3Dセキュア2.0」への対応、独自の不正検知サービスを備えているかを確認します。さらに、システム障害時などに迅速に対応してもらえるサポート体制があるかどうかも重要です。
お客様に安心してお買い物を楽しんでいただくためにも、高度なセキュリティと手厚いサポート体制が整った決済代行サービスを選びましょう。
[この記事を読む]
ECサイトの決済手数料を抑える3つの方法
決済手数料は毎月の売上に対して継続的に発生するため、利益率を改善するにはこのコストをいかに抑えるかがカギとなります。ここでは、ECサイトの決済に関わる手数料を削減するための具体的な3つの方法を解説します。
複数の決済代行サービスを比較検討する
決済コストを抑えるためには、最初から1社に限定せず、複数の決済代行サービスから見積もりを取り比較検討することが効果的です。
決済手数料の料率や初期費用といった条件はサービスごとに異なり、相見積もりをとることでより有利な条件を引き出せる可能性が高まります。
例えば、自社の月間売上規模の見込みや取扱商材、ターゲットとなる客層などを詳細に伝えた上で複数社に提案を依頼すれば、他社の条件を引き合いに出して手数料率の交渉余地が生まれます。少しでもコストを下げるために、必ず複数社を比較して自社に最適なサービスを見極めましょう。
売上規模に応じた料率交渉を行う
ショップが成長してきた段階で、現在契約している決済代行会社に対して手数料率の引き下げ交渉を行うのも有効な手段です。
決済代行会社にとっても取扱高の大きい優良なECサイトは手放したくない顧客であり、引き止めのために交渉に応じてくれるケースがあります。
具体的には、月間売上が一定規模を超え、今後も安定した決済件数やボリュームが見込めるようになったタイミングで、契約の見直しや優遇料率の適用を打診してみるのが一般的です。売上実績を交渉の武器として活用し、定期的なコストの見直しと料率の引き下げを図りましょう。
ECカート一体型の決済サービスを利用する
ECカートシステムと一体型の決済サービスを活用することも、トータルコストの削減に有効な方法です。外部の決済代行会社と個別に契約してシステム連携を行うよりも、導入工数や月額固定費などのランニングコストを低く抑えられるケースがあります。
例えば「イージーマイショップ」を利用している場合、管理画面から簡単に申込み手続きできる「イージーペイメント」を活用すれば、複雑な連携開発費や余計な初期費用をかけずに多彩な決済手段を導入できます。
無駄な固定費や開発コストを省くためにも、利用中のECカートに最適化された決済サービスを積極的に活用しましょう。
▶導入・固定費無料！無料ショップ開設でイージーペイメントを試してみる
ECサイトの決済手数料に関するよくある質問
個人事業主でも決済代行サービスは利用できますか？
多くの決済代行サービスは個人事業主でも問題なく利用可能です。昨今は個人でのネットショップ開設が増えており、個人向けプランを用意する代行会社が多いです。
ただし、営業実態や信用の確認において、審査基準は法人よりも厳しめになる場合があります。事前に開業届などの必要書類を整えて申し込みましょう。
決済手数料は経費として計上できますか？
ECサイトの決済手数料は「支払手数料」の勘定科目で経費として計上できます。商品の販売やショップ運営の維持に直接必要なコストとして認められます。
月々の利用明細書をしっかりと保管して正しく処理しましょう。なお、売上金との相殺など詳細な会計処理については、税理士への相談をおすすめします。
越境EC向けにおすすめの決済方法はありますか？
海外向けの越境ECでは、PayPalやStripeといった決済代行サービスが非常に有力な候補となります。これらは世界中で広く普及しており、海外発行のクレジットカードへの対応や多通貨決済の仕組みが優れています。
現地ユーザーの離脱を防ぐためにも、これらグローバルな決済手段を最優先で検討しましょう。
まとめ｜ECサイトの決済手数料は総コストで比較しよう
ECサイトの決済手数料は、表面的な料率の安さだけでなく「総コスト」で比較し、自社に最適なサービスを選ぶことが重要です。決済方法別の手数料相場や決済代行サービスによって、初期費用や月額固定費、入金サイクルなどの条件が大きく異なり、最終的な利益率や資金繰りに直結します。
本記事で解説したように、自社のターゲット層に合わせた決済手段の網羅性など5つのポイントを基準に選定し、複数サービスの比較やECカート一体型サービスの活用といった3つの手法でコスト削減を図りましょう。手数料の全体像を正しく把握し、コストパフォーマンスに優れた決済環境を構築することで、利益を最大化できます。
これからECサイトを開設される方や、現在の決済手数料・運用コストを見直したいとお考えの方には、イージーマイショップがおすすめです。
専用の決済サービス「イージーペイメント」を利用すれば、クレジットカード決済やコンビニ決済、PayPayなど、主要な決済手段を簡単な手続きで一括導入でき、月額費用などの固定コストを抑えながら、利益率の高いショップ運営を実現できます。さらに、受注から売上処理まで管理画面で一元化できるため、日々の業務効率も格段に向上します。
決済手数料や運用コストを見直したい方は、まずは無料アカウントを発行し、イージーペイメントの設定や受注管理の流れを管理画面で確認してみてください。