TOPページとカテゴリすべてのページで右カラムの最上部（ショッピングカートの上）にスペースが入ってしまい、カートが下にずれています。
上には特に何の項目も入れていないのですが、なぜでしょうか？
Re: 右カラムの上部スペース
TOPページとカテゴリすべてのページの一番左のショッピングカートの上の隙間の認識にて回答いたします。
こちらは縦方向の配置が「上下中央揃え」の設定となっているため、上部分に隙間ができております。
縦方向の配置の変更は、ページレイアウト管理（拡張設定＞デザイン設定）で「ページ選択：」を商品一覧とし、
「コンテンツ」項目の3列に分かれている部分の一番左の歯車ボタン（カートパーツの上の歯車ボタン）を押します。
「配置:」項目を「指定なし」または「上揃え」としていただければ、上詰めで左カラム部分が表示されます。