標題の件でございますが、
一からHTMLでショップデザインを行うことを考えております。
その際、こちらで作成したHTMLやCSSデータにつきましては、
下記に追加する理解でよろしいのでしょうか？
店長ナビ＞デザイン設定＞フリーページタブ＞新規登録
それとも、
店長ナビ＞デザイン設定＞パソコン用デザインにて
任意のテンプレートを選択しスタイルシート内を削除し
新しく挿入する形なのでしょうか？
その際にスマートフォン用ページはどうなりますでしょうか？
商品一覧ページなどを独自でデザインする方法は大きく２種類御座います。
1.商品画像や商品説明文はイージーマイショップに登録した内容を利用し、
レイアウトだけをカスタマイズする場合。
2.商品一覧や商品説明の商品画像や説明文を含め、全てを独自で用意する場合。
＜1の場合＞
通常は「デザイン設定>レイアウト>パソコン用デザイン」の
任意のデザインの「スタイルシート-カスタマイズ」で
「design.css」を編集して頂く事になります。
画像ファイルは、任意のデザインの「画像-カスタマイズ」にて
登録、変更ができます。
画面に任意のテキスト文や画像等を追加されたい場合は、
フリーエリアをご利用頂けます。
フリーエリア範囲外の部分については、
任意のデザインの「テンプレート-カスタマイズ」より、
HTMLを利用して修正頂く事が出来ます。
各画面の詳細については、
それぞれの画面右にあるヘルプをご参照願います。
スマートフォンサイトについても、
「デザイン設定>レイアウト>スマートフォン用デザイン」にて
同様の手順が必要となります。
＜2の場合＞
ご用意いて頂いた、
商品一覧や商品説明ページをフリーページへ登録して、
ご利用頂く事になります。
その場合、該当する商品ページへ「カートへ入れる」ボタンを
設置して頂く事に成ります。
設置方法はこちらをご覧ください。
https://www.easy-myshop.jp/emshelp/online_setup.html#cart-tag
（また、一般的なホスティングサービスを他社でご用意される場合は、
そちらにHTMLファイルを設置して頂いてもご利用可能です。）
こちらの方法の場合、
ページ自体の生成はイージーマイショップは全く関与しなくなる為
スマートフォンサイトの対応についても、
全て独自でご用意頂くページ内で行って頂く必要が御座います。