過去に同じ質問がありましたらすみません（探せませんでした）。
取扱い商品について、店舗から発送するものと、メーカーから直送となるものがあるのですが、発送元が違うものは、発送のタイミングや送料等も違うため、同じカートに入れて支払い手続きをされると、発送時に困るのですが、商品によって同梱できないように設定するようなことはできますか？
注文情報をコピーして分割することができるのは理解しております。
ただ、クレジット決済の場合ですと、コピーした注文分は、再度お客様にクレジット情報を入力して頂かなくてはならないので、そのような方法は避けたいのですが...
発送元が異なることで同時に商品を同時にカートに入れられなくする設定は「複数配送方法」の設定を行って頂くことでできます。
配送設定（店長ナビ＞開店設定）の[基本送料]にある「＋」ボタンから配送方法（送料の設定等も行って下さい）を追加して頂きます。
（以降は、前提として以前からある配送方法をAとし、追加した配送方法をBとします）
商品一覧（店長ナビ＞商品管理）を開き、発送元が異なる商品の編集画面＞[▼その他詳細]を押して[禁止する配送方法]項目にあるAにチェックを入れます。
次に、上記と同様に店舗様から発送する商品の[禁止する配送方法]項目からBにチェックを入れます。
以上でこれら商品は同時にカートに入れる事ができなくなります。
※個別に注文を行う必要がございますのでご注意下さい。
以上を参照いただき設定をお試し下さい。
設定完了後はテスト注文にて必ず動作確認を行って下さい。