拡張設定 - SEO・トラッキング（コンバージョン）設定 のところについて質問です。
Googleアナリティクスのクロスドメイントラッキングを設定する場合、「セカンダリドメイン」というところに自分の既存のサイトURLを記入すれば良いのでしょうか。
セカンダリとプライマリ？があるのですか？自社サイトのページに記入するトラッキングはイージーマイショップさんで生成されるものと同じものを記入すればいいのでしょうか。
ご認識の通り「セカンダリドメイン」にはお持ちのサイトURLをご入力頂き設定して下さい。
自社サイトのページへ埋め込むトラッキングコードについては、GoogleAnalytics側の内容となりますので正確なご案内はできかねますが、GoogleAnalyticsにて生成されているコードに対し、
・プライマリ⇒イージーマイショップのサイトURL
・セカンダリ⇒お持ちのサイト
上記を追加したコードをお持ちのサイトへ埋め込みます。
（別の方法としてGoogleタグマネージャーをご利用頂く方法もございます）
詳しくはGoogle社にて公開されているヘルプをご覧下さい。
https://support.google.com/analytics/answer/1034148?hl=ja