商品一覧画面とカート画面でヘッダーを同じにしているのですが、どうもテキストで書いてるショップロゴが、カート画面側でずれてます。
店長ナビの機能で修正できそうにありません。
商品一覧と同じにするにチェックしてるのに同じじゃないように見えます。
どうにかできる方法ありますか？
ショップロゴがカート画面にてずれるとのことですが、カート画面に遷移するとショップロゴが上部にずれるということでよろしいでしょうか？
こちらの原因としては、SNSボタン（シェアするやツイートする、LINEで送るなど）の有無が原因です。
カート画面においては、SNSボタンが表示されない仕様となっていますのでカート画面に遷移した時点でボタンが非表示となりその分ショップロゴなどサイトの内容全体が上にずれます。
ボタンが非表示になった際にショップロゴなどがずれないようにする方法としては、ページレイアウト管理にてヘッダーの[商品一覧と同じ]のチェックを外していただき、商品一覧と同じパーツ（SNSボタンのパーツは除く）をクローンパーツにて作成して配置します。
SNSボタンのパーツを設置していた場所に空白行のパーツ（高さ21px前後）を追加して頂くことでずれが解消されます。
以上を参照いただき、設定をお試し下さい。