カラムごとのサイズについて
レフトナビのスペースをもう少し広く、商品一覧が表示されるメインコンテンツの部分をもうすこし狭くなど調整したいのですが、どこで記述するのかがわかりません。
ご利用事例のサイトを参考にしたところclass="item_masonry_square"のサイズを変えているようですが、これがcssでなくインラインに記述されているようで、どこで書き換えるのかが分かりません。
機能として各カラムの幅を変えることができるのでしょうか？
また商品一覧の画像と画像の間(class="item_pane"同士の間隔)は調整可能でしょうか？
ページレイアウトの調整について、「簡単モード」を利用していることを前提として案内致します。
ショップページの各表示幅は、ページレイアウト管理（デザイン設定＞レイアウトタブ）から行います。
イージーマイショップにて作成されるページは、左右のカラムの幅を指定し、中央（メインコンテンツ）はその幅を基に自動調整されるスタイルとなっております。
その為、各表示幅を調整する場合は、左右のカラムの幅を調整します。
調整方法は、表示されるレイアウト図内にある三列表示になっている領域の左右の[設定]ボタン（ギアアイコン）をおして表示される[横幅]に数値を入れて調整して下さい。
また、サイト全体の幅を固定（または最大幅を固定）にする場合は、レイアウト図上部にある[スクリーン]の[設定]ボタンを押して表示される[画面幅固定設定]から指定して下さい。
尚、記載頂きましたclass（item_masonry_square）はシステムで制御（システムにより内容が自動で変更）されますので、こちらへのスタイル追加はあまりお勧めできません。
> また商品一覧の画像と画像の間(class="item_pane"同士の間隔)は調整可能でしょうか？
スタイルを追加する事で調整は可能ですが、スタイルでの調整とは別に、商品フレーム設定にて調整頂くことをお勧め致します。
商品フレームの設定は以下のヘルプをご覧下さい。
商品フレームを設定する
http://emshelp.easy-myshop.jp/c-item-detail?ic=item-frame
画像間の調整を行う場合は、商品フレーム設定後に、[フレームサイズ]内の[チューニング]を押して表示される詳細設定内の[6フレーム余白]から調整できます。
以上を踏まえ、設定をお試しください。