どこかにクロネコヤマトという登録があるのですが、これを設定する場所はどこでしょうか。また、発送通知メールの画面で、メールへのコメント入力時にクロネコヤマトの洗濯をした際にURLが入りますが、その他のちょっとしたコメントを入れる画面はありますか？
こちらはメールコメント機能についてかと思われます。
メールコメントの設定画面は、
各種注文処理画面（受注・入金・発送処理画面）にある
「メール付加コメント登録」ボタンを押すと「メールコメント設定」が表示されます。
こちらで現在登録しているコメントの編集やあたらしくコメントを設定することができます。
（登録すると、各注文処理時に選択ができます）