すみません。まだわからないことがあるので教えて頂けますでしょうか？
親カテゴリはすでに１つ作っており、カテゴリ一覧で子カテゴリも作ることができています。
しかしそれに加えてもう一つ、親カテゴリを作りたいのです。
そういう場合はどうなるのでしょうか？
今のところ、カテゴリ一覧の最下部にある追加ボタンを押しても
子カテゴリが増えるだけになっております。
確認の為、ショップを拝見させていただいたところ、現在“親カテゴリ”しか作成されておりません。
ご質問内容にある「子カテゴリ（例：ID=1）」は、「親カテゴリ（例：ID=1）」の事です。
一番上に位置しているカテゴリ（ID=0）は親カテゴリで間違いないのですが、こちらのカテゴリは「ショップに登録している商品全て」というカテゴリとなり、他の親カテゴリとは別物となります。
子カテゴリを作成する場合は、親カテゴリにある「＋（プラス）」ボタン（編集ボタンの横）を押すと作成されます。作成された子カテゴリは、親カテゴリの右下に表示されます。
（または、作成した親カテゴリを他の親カテゴリの右下にドラッグ＆ドロップで配置していただくと、その親カテゴリの子カテゴリとすることもできます）