Google検索に表示された時に有利にするために、構造化データを記述したいのですが、どこに記述すればいいのでしょうか。
ウェブマスターツールで構造化データは作成したのですが、記述するHTMLファイルが見つけられませんでした。
microdataマークアップのことでよろしいでしょうか？
イージーマイショップで自動生成されるページでは対応していません。
フリーエリア（フリーパーツなど）やフリーページを作成する際はmicrodataマークアップに対応した記述が可能です。
また、商品説明文においてもHTMLモードで記述すると可能となります。
（HTMLでの記述ができる箇所は可能です）
※こちらについては検証は行っていないので、Googleに正確に認識されるかはわかりかねます。予めご了承くださいませ。